Introdução
  • Boas-vindas
  • Apresentação
  • Por que programar para a Bioinformática?
  • O que é Bioinformática
Introdução à computação
  • O que são programas de computadores?
  • Introdução à computação
  • Conceitos básicos de computação
  • Questionário 1: introdução à computação
Python básico
  • Introdução ao Python
  • Instalando Python
  • Resolvendo problemas na instalação do Python
  • Google Colab (ambiente para desenvolvimento alternativo)
  • Comentários
  • Meu primeiro programa
  • Variáveis e tipos de dados
  • Operadores
  • Soma simples
  • Operadores relacionais
  • O que são estruturas condicionais?
  • Comandos condicionais
  • Comando else
  • Comando elif
  • O que são estruturas de repetição?
  • Laços de repetição
  • Comando for
  • Comando for e range
  • Questionário 2: Python básico
  • Comando input
  • Aviso - Lista de exercícios
  • Lista de exercícios 1
  • AVISO
  • Idade
  • Exercício 1.1: Verificando a idade
  • Média
  • Exercício 1.2: Cálculo de média
  • Exercício 1.3: Equação de segundo grau
  • Exercício 1.4: Ordenação de listas
  • Exercício 1.5: Construindo uma calculadora
Python intermediário
  • O que são listas?
  • Listas parte 1
  • Listas parte 2
  • Dicionários
  • Strings parte 1
  • Funções
  • Manipulando arquivos
  • Expressões regulares
  • Introdução à orientação a objetos
  • Tratamento de exceções
  • Números aleatórios
  • Modularização
  • Questionário 3: Python intermediário
  • Aviso - Lista de exercícios
  • Lista de exercícios 2
  • Exercício 2.1: Comparação de sequências
  • Exercício 2.2: Lendo arquivos
  • Exercício 2.3: Salvando sequências no formato FASTA
  • Exercício 2.4: Funções
  • Exercício 2.5: Salvando arquivos FASTA em dicionários
Python avançado
  • Introdução
  • List comprehension
  • Enumerate
  • Filter
  • Reduce
  • Map
  • Lambda
  • zip
  • Python avançado
Biopython
  • O que é Biopython?
  • Instalando Biopython
  • Declarando sequências com Biopython
  • Complementar e reverso complementar
  • Transcrição
  • Transcrição com Biopython
  • Tradução
  • Tradução com Biopython
  • Analisando arquivos FASTA
  • Estruturas de proteínas com Biopython
  • Questionário 4: Biopython
Visualização de dados para Bioinformática
  • Visualização de dados
  • Estudo de caso: comparando sequências de RNA ribossomal entre humanos e bactéria
  • Descrição do estudo de caso
  • Criando o script
  • Contando dinucleotídeos
  • Gerando a visualização
Construção de pipelines para Bioinformática
  • Bio-Linux
  • Bancos de dados biológicos
  • O que são pipelines?
  • Pipelines: executando programas externos usando Python
  • Modelagem de proteínas por homologia
  • Instalando MODELLER no Linux
  • Registrando o MODELLER
  • Alinhamento de sequências